A Bad Religiont 1979-ban, a kaliforniai Los Angeles San Fernando Valley nevű külvárosában hozta létre a középiskolás Greg Graffin, Brett Gurewitz (avagy „Mr. Brett”), Jay Bentley és Jay Ziskrout. Az 1980-as években az USA-ban gyakoriakká váltak a tévés vallási műsorok, amelyeket Graffin és társai nem kedveltek, innen származik az együttes neve („Rossz vallás”), amellyel a csoport, a dogmatizmussal való szembenállására utal. 1981-ben Brett, jómódú szülei támogatásával létrehozta az Epitaph Records kiadót, amelyen keresztül megjelentették első középlemezüket. Egy évvel később látott napvilágot az első albumuk, How Could Hell Be Any Worse? címmel.

A frontember, Greg Graffin geológusként végzett az UCLA-n (University of California) és evolúciós biológiából doktorált a Cornell Egyetemen. Disszertációjának témája a modern, darwinista tudósok valláshoz, istenhithez való hozzáállása, esetleges hitük tanulmányaikra és munkájukra gyakorolt hatása. Művét az együttes hivatalos honlapján közreadta a rajongók számára.

1983-ban jelent meg az Into the Unknown című pszichedelikus rock albumuk, amelyet Greg szintetizátorkísérettel látott el. A rajongók nagyon kedvezőtlenül fogadták a változást, és bár a lemez mára népszerűvé vált a gyűjtők körében – az eBayen néha feltűnik egy-egy 100 dollár értékű (többnyire hamisított) példány –, sokan továbbra sem tartják igazi Bad Religion albumnak. A kudarc és Brett kábítószerfüggősége (amely miatt az albumból befolyó bevétel is eltűnt) a Bad Religion feloszlásához vezetett. Ugyan 1984-ben, a korábbi stílusukhoz visszatérve még megjelentették a Back to the Known című középlemezt, amelyen Brett helyett már a Circle Jerks gitárosa, Greg Hetson játszott, a Bad Religion átmenetileg két évre eltűnt.

Az újraalakulás utáni évek (1986–1992) 

Az 1986-os újraalakulást követő évben kiadták a Suffer című albumot, amelynek átütő sikere révén az együttes visszatért a punkközösségbe. A rajongók amellett, hogy ezt tekintik az egyik legjobb Bad Religion albumnak, úgy tartják hogy a dél-kaliforniai punk színtér számára is megújulást hozott. Az 1989-es No Control, az 1990-es Against the Grain és az 1992-es Generator pedig tovább növelte a banda népszerűségét.
Az alternatív rock népszerűsödése miatt 1993-ban az Atlantic Recordsnál újra megjelentették Recipe for Hate című, hetedik albumukat. 1994-ben ugyanitt jelent meg a Stranger Than Fiction is, amelyet követően Brett kilépett a csapatból. A hivatalos indoklás szerint erre azért került sor, mert az Epitaph Recordsszal kapcsolatos ügyintézés több időt igényelt, ugyanis a kiadó támogatta a feltörekvő Offspringet, amely az 1990-es évek közepére a punk műfaj egyik legismertebb képviselőjévé vált. Később azonban kiderült hogy a távozás hátterében az állt, hogy Brett szerint a Bad Religion eladta magát, amikor az Epitaph-ot elhagyva egy nagy kiadóhoz szerződött. Brett a The Daredevils nevű új együttesével írt Hate You ("Gyűlöllek") című számában fogalmazta meg Jay Bentley-hez szóló, ezzel kapcsolatos üzenét. Brett heroin- és alkoholfüggősége ez idő tájt egyre súlyosbodott.

A Brett nélküli időszak (1996–2001) 

A Bad Religion három újabb albuma a The Gray Race, a No Substance és a The New America közül csak az első volt igazán sikeres, így a Bad Religion elhagyta az Atlantic Recordsot és 2001-ben visszatért az Epitaphhoz. Brett időközben egy kábítószer birtoklás miatt kiszabott hat hónapos börtönbüntetés és egy elvonókúra után megszabadult a drogtól. A The New America Believe It című számát már vele írták és vették fel. Az együttes 1998. szeptember 11-én az Europark parkolójában a Vans Warped tour-on és 2000. augusztus 7-én a Sziget fesztiválon lépett fel hazánkban.

Tagok 

• Greg Graffin – ének (1979–)
• Brett Gurewitz (Mr. Brett) – gitár, ének (1979–1983, 1985–1994, 2001–)
• Greg Hetson – gitár (1984, 1986–)
• Brian Baker – gitár, ének (1994–)
• Jay Bentley – basszusgitár, ének (1979–1982, 1986–)
• Brooks Wackerman – dob (2001–)

Stúdióalbumok

• How Could Hell Be Any Worse? (1982)
• Into the Unknown (1983)
• Suffer (1988)
• No Control (1989)
• Against the Grain (1990)
• Generator (1992)
• Recipe for Hate (1993)
• Stranger Than Fiction (1994)
• The Gray Race (1996)
• No Substance (1998)
• The New America (2000)
• The Process of Belief (2002)
• The Empire Strikes First (2004)
• New Maps of Hell (2007)
• The Dissent of Man (2010)